分子生(sheng)物中(zhong)RNA 和 DNA 提取(qu)會(hui)常常遇(yu)到(dao)壹些(xie)問(wen)題,下(xia)面小(xiao)編就(jiu)RNA 和 DNA 提取(qu)實(shi)驗中(zhong)的通常遇(yu)到(dao)的幾個問(wen)題進行解(jie)析(xi)。
1.提取(qu)產量(liang)低
如果您(nin)遇(yu)到(dao)的 DNA/RNA 產量(liang)低於(yu)您(nin)對(dui)樣(yang)品(pin)的預期(qi),則(ze)需要考慮(lv)許多(duo)因(yin)素(su)。通常,這(zhe)是壹個裂(lie)解(jie)問(wen)題。未裂(lie)解(jie)是產量(liang)低的主要原因。它也(ye)可(ke)能(neng)是由不(bu)正確的綁(bang)定(ding)條件引(yin)起的。確保使(shi)用新(xin)鮮的優(you)質乙(yi)醇(100% 200 標(biao)準)稀(xi)釋(shi)緩(huan)沖(chong)液或添加(jia)到(dao)結(jie)合的步驟(zhou)。劣質乙(yi)醇或(huo)舊(jiu)庫(ku)存可(ke)能(neng)已經吸收了(le)水分,並(bing)且(qie)濃度不(bu)正確。如果洗(xi)滌(di)緩(huan)沖(chong)液制備(bei)不(bu)正確,您(nin)可(ke)能(neng)正在(zai)洗(xi)掉(diao)提取(qu)的 DNA 或 RNA。
2.提取(qu)低純(chun)度
如果提取(qu)的 DNA 被(bei)蛋白(bai)質汙染(ran)(低 260/280),那(na)麽(me)您(nin)可(ke)能(neng)開始時樣品(pin)過多(duo),而(er)蛋(dan)白(bai)質沒有(you)去(qu)除或溶(rong)解(jie)。
如果 DNA 的 260/230 比率不(bu)佳(jia),則(ze)問(wen)題通常是結合或洗(xi)滌(di)緩(huan)沖(chong)液中(zhong)的鹽分。確(que)保使(shi)用最高(gao)質量(liang)的乙(yi)醇來(lai)制備(bei)洗(xi)滌(di)緩(huan)沖(chong)液,如果問(wen)題仍(reng)然(ran)存(cun)在(zai),請再次(ci)洗(xi)滌(di)色(se)譜(pu)柱。
與其他(ta)樣(yang)品相比(bi),壹(yi)些(xie)樣(yang)品(pin)含有更(geng)多(duo)的抑制(zhi)劑(ji)。環境(jing)樣品(pin)特別容(rong)易(yi)出(chu)現純(chun)度問(wen)題,因為(wei)腐(fu)殖(zhi)質在(zai)提取(qu)過(guo)程(cheng)中(zhong)會(hui)被(bei)溶(rong)解(jie)。
腐(fu)殖(zhi)質的行為(wei)與 DNA 相似(si),很難從(cong)矽(gui)膠柱中(zhong)去(qu)除。
3.DNA或RNA降(jiang)解(jie)
降(jiang)解(jie)是RNA制備中(zhong)常常到(dao)的問(wen)題。因為(wei)在(zai) RNA 提取(qu)過(guo)程(cheng)中(zhong),樣(yang)品儲存不(bu)當或裂(lie)解(jie)效(xiao)率(lv)低等(deng)情(qing)況都(dou)會(hui)導致降(jiang)解(jie)。對(dui)於(yu) DNA 提取(qu),降(jiang)解(jie)不(bu)是壹個大問(wen)題,因為(wei)對(dui)於 PCR,DNA 可以(yi)被(bei)剪切(qie)並且(qie)工(gong)作正常,如果不(bu)希望有較(jiao)多(duo)剪(jian)切(qie)的 DNA,可以使(shi)用弱裂(lie)解(jie)的方法。
PCR 凈化(hua)時的註意(yi)事(shi)項(xiang)
PCR 凈化(hua)其實(shi)並不(bu)是 DNA 提取(qu)技(ji)術本(ben)身,但(dan)它(ta)是壹種效(xiao)率(lv)高且(qie)簡(jian)單的技(ji)術,它只(zhi)是添加(jia)高(gao)濃(nong)度的結合鹽(通常每(mei)體(ti)積(ji) PCR 反(fan)應 3-5 體(ti)積(ji)鹽)和離心(xin)來(lai)過濾(lv)。
在(zai)實驗過程(cheng)中(zhong),PCR Clean-up 試劑盒(he)出(chu)現故(gu)障也(ye)會(hui)導致整個(ge)實(shi)驗功虧壹(yi)簣(kui)。
因(yin)為(wei)在(zai)PCR 反應中(zhong)有(you)較(jiao)多(duo)吸(xi)收 260 度紫外線(xian)的物質,比如:核苷酸、去(qu)汙劑(ji)、鹽和引物(wu)。所以,PCR 凈化(hua)試劑盒(he)經常無(wu)法(fa)正(zheng)常工(gong)作可能(neng)是由於 PCR 反應失(shi)敗所造(zao)壹(yi)般(ban)成(cheng)較(jiao)難清理。
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