二代測序降低實(shi)驗成(cheng)本方(fang)案

隨著(zhe)成(cheng)本(ben)穩(wen)步下降，二代(dai)測(ce)序 NGS變逐漸(jian)增(zeng)多(duo)，但(dan)如(ru)果(guo)經(jing)常使用，它(ta)仍然(ran)是(shi)壹(yi)種(zhong)成本(ben)昂貴(gui)的(de)工(gong)具(ju)。其(qi)實(shi)在(zai)實(shi)驗室(shi)中，掌控好(hao)以下(xia)幾(ji)個環(huan)節(jie)也是(shi)可以節(jie)省(sheng) NGS 的(de)總(zong)體成本的(de)。這(zhe)裏提供(gong)壹(yi)些(xie)關於降低二(er)代(dai)測(ce)序(xu) -NGS成本(ben)的(de)方(fang)法可供(gong)參(can)考。

1. 樣品質量(liang)控制(zhi)

樣本的(de)質量(liang)直接關(guan)乎(hu)到二(er)代測成本，質量(liang)較(jiao)差(cha)的(de)樣本，會間接增(zeng)加(jia)測序(xu)步驟和處理(li)時(shi)間。所(suo)以，降(jiang)低成(cheng)本(ben)的(de)簡(jian)單(dan)方(fang)法之(zhi)壹(yi)就(jiu)是(shi)從(cong)樣品提取(qu)開始，通過(guo)部署於樣品類型和(he)目(mu)標(biao)核(he)酸的(de)樣品純化方(fang)法，來確保(bao)用(yong)於下遊(you)分(fen)析的(de)核(he)酸純度和產量(liang)。NGS文庫制(zhi)備過(guo)程(cheng)中(zhong)發(fa)生(sheng)的(de)酶(mei)促(cu)反應對(dui)所(suo)用(yong)樣品的(de)數(shu)量(liang)和(he)質量(liang)較(jiao)敏感。因(yin)此，量化(hua)樣本（通過(guo) qPCR、熒光(guang)定量或(huo)核(he)酸電泳等(deng)方(fang)法量化(hua)樣本是(shi)壹(yi)個(ge)重要步驟，尤其(qi)是(shi)對(dui)於具(ju)有挑戰性(xing)的(de)樣本，例如固定組織(zhi)、汙(wu)染(ran)或(huo)低豐(feng)度樣本。

2. 選(xuan)擇正確(que)的(de)文庫制(zhi)備方(fang)法

羅氏(shi)認(ren)為，為預(yu)期的(de)下(xia)遊(you)測序(xu)應用選(xuan)擇正確(que)的(de)文庫制(zhi)備方(fang)法也是(shi)降(jiang)低 二(er)代(dai)測(ce)序(xu)NGS 成本(ben)的(de)主要措施(shi)。例(li)如(ru)，如果測(ce)序目(mu)的(de)只(zhi)是(shi)篩(shai)選(xuan)變異(yi)基因(yin)，那(na)麽只(zhi)需(xu)要選(xuan)擇對(dui)目(mu)標(biao)基因(yin)組(zu)編碼區域進(jin)行(xing)富(fu)集(ji)和(he)測序，需要測(ce)序樣本總(zong)量也較(jiao)少，從(cong)而(er)允(yun)許每(mei)個(ge)用(yong)於測序(xu)運行的(de)流動槽(cao)內(nei)獲(huo)得較(jiao)多(duo)的(de)樣品，這樣可以提升(sheng)生(sheng)成(cheng)的(de)數(shu)據質量(liang)由此節約(yue)總(zong)體成本。 通過(guo)反復(fu)試驗發(fa)現(xian)這種(zhong)策(ce)略比全基因(yin)組(zu)測序成本(ben)低，因(yin)為全(quan)基因(yin)組(zu)測序需要對(dui)每個(ge)樣本進(jin)行(xing)復(fu)雜的(de)測(ce)序(xu)。另(ling)外(wai)文庫制(zhi)備工具(ju)包也(ye)可以幫助您降(jiang)低成(cheng)本(ben)。選(xuan)擇壹(yi)種(zhong)快速(su)、可靠的(de)文庫制(zhi)備方(fang)法來制(zhi)備類似樣品類型將(jiang)減(jian)少手(shou)動操(cao)作(zuo)時間(jian)以及重復(fu)失(shi)敗樣品的(de)需(xu)要，如(ru)果采(cai)用了合(he)適(shi)的(de)方(fang)法，就可以空(kong)出(chu)人員(yuan)和實(shi)驗室(shi)設備來執行其(qi)它(ta)復(fu)雜的(de) NGS 。在(zai)這(zhe)個(ge)過(guo)程(cheng)中(zhong)可以使(shi)用(yong)壹(yi)些(xie)試劑盒以到(dao)無(wu) PCR 版本(ben)無(wu)需文庫擴增，這樣可以節(jie)省(sheng)較(jiao)多(duo)時(shi)間(jian)。

3. NGS樣本 QC，文庫 QC 和文庫池(chi)

樣本 QC，文庫 QC 和文庫池(chi)是(shi)額(e)外(wai)的(de)重(zhong)要措施(shi)，如(ru)果(guo)實施得當(dang)，也(ye)可以幫助降(jiang)低 NGS 成(cheng)本(ben)。但(dan)是(shi)，樣本庫的(de)不(bu)正確(que)匯(hui)集(ji)可能會產生(sheng)每(mei)個(ge)樣本的(de)序(xu)列(lie)讀取(qu)覆蓋率可變（不(bu)平(ping)衡）的(de)測(ce)序(xu)運行，需要在(zai)分(fen)析過(guo)程(cheng)中(zhong)對(dui)讀取(qu)進(jin)行(xing)生(sheng)物(wu)信(xin)息下(xia)采(cai)樣並(bing)浪費測(ce)序(xu)讀取(qu)，因(yin)此，QC 措施(shi)有助於確保(bao)您對(dui)質量(liang)較(jiao)高的(de)文庫進(jin)行(xing)測(ce)序(xu)，從(cong)而(er)降(jiang)低 NGS 成(cheng)本(ben)。降(jiang)低二(er)代(dai)測(ce)序(xu) -NGS成本(ben)的(de)方(fang)法上面(mian)提到(dao)的(de)使(shi)用(yong) qPCR、熒(ying)光(guang)法或電泳方(fang)法對(dui)NGS 文庫進(jin)行(xing)量(liang)化(hua)是(shi)匯(hui)集(ji)和(he)測(ce)序(xu)之(zhi)前(qian)的(de)關(guan)鍵步驟，在這(zhe)壹(yi)步準確控制(zhi)文庫的(de)數(shu)量(liang)將(jiang)對(dui)測序(xu)覆蓋深(shen)度(du)、樣品均勻性(xing)和(he)流動池(chi)聚類產生(sheng)積(ji)極(ji)影響(xiang)。

4. 了解(jie)測(ce)序(xu)質量(liang)指(zhi)標(biao)

通過(guo)了解(jie)測(ce)序(xu)質量(liang)和(he)數(shu)據分(fen)析的(de)指(zhi)標(biao)來優(you)化(hua)您的(de) NGS 工(gong)作(zuo)流程(cheng)，這(zhe)有助於提高數據質量(liang)。糟糕(gao)的(de)測(ce)序(xu)質量(liang)指(zhi)標(biao)將減少(shao)測序運行的(de)整(zheng)體(ti)可用數(shu)據，這(zhe)意(yi)味著(zhe)需(xu)要額(e)外(wai)進(jin)行(xing)成(cheng)本(ben)昂(ang)貴的(de)測(ce)序(xu)，所(suo)以，了解(jie)數(shu)據分(fen)析指(zhi)標(biao)有助於研究(jiu)人(ren)員(yuan)確定實驗試劑和工(gong)作(zuo)流程(cheng)，以生(sheng)成(cheng)較(jiao)高質量(liang)的(de)數(shu)據來回(hui)饋(kui)實驗。

5. 不(bu)要過(guo)度排(pai)序(xu)或(huo)排(pai)序(xu)不(bu)足

從(cong)每(mei)次測序讀取(qu)中(zhong)獲(huo)取盡(jin)可能多(duo)的(de)信(xin)息還(hai)可以通過(guo)避免(mian)對(dui)您的(de)文庫進(jin)行(xing)過(guo)度或(huo)不足測序來降低成(cheng)本(ben)。過(guo)度測(ce)序會導致明顯的(de)不(bu)必(bi)要的(de)浪(lang)費(fei)。

6.使(shi)用多(duo)路(lu)復(fu)用(yong)和自動化(hua)

盡(jin)可能多(duo)路(lu)復(fu)用(yong) NGS 樣本是(shi)也(ye)是(shi)節(jie)約(yue)二(er)代測序NGS的(de)方(fang)法之(zhi)壹(yi)。這(zhe)可能需(xu)要對(dui)索引方(fang)案進(jin)行(xing)壹(yi)些(xie)協調，使用(yong)自動化(hua)測(ce)序的(de)實(shi)驗室(shi)設備有助於消(xiao)減人(ren)工成(cheng)本及人為錯(cuo)誤，雖(sui)然(ran)購買(mai)和優(you)化(hua)這樣壹(yi)個(ge)系(xi)統(tong)的(de)前(qian)期(qi)成(cheng)本(ben)較(jiao)高，但如果可以容(rong)忍(ren)費用(yong)，那(na)麽隨(sui)著(zhe)時(shi)間(jian)的(de)推(tui)移(yi)，節省(sheng)的(de)時(shi)間(jian)、增(zeng)加的(de)可重復(fu)性(xing)將抵消(xiao)初始成本(ben)。

7.定期評(ping)估工作(zuo)流程(cheng)、實(shi)驗試劑和NGS技(ji)術(shu)

定期重(zhong)新評(ping)估工作(zuo)流程(cheng)、試劑和技(ji)術(shu)也(ye)可以節(jie)省(sheng)時間(jian)和金錢。您的(de)實(shi)驗室(shi)的(de)樣品通量(liang)可能會隨著(zhe)時(shi)間(jian)的(de)推(tui)移(yi)而(er)增(zeng)加(jia)，壹(yi)些(xie)新型(xing)的(de)文庫定量試劑盒可以提升(sheng) NGS 文庫制(zhi)備效率。比如：tiangen系(xi)列(lie)的(de)TIANSeq 文庫定量試劑盒，適用於illumina平臺(tai)的(de)NR102-TIANSeq快(kuai)速(su) RNA文庫構建(jian)試劑盒等(deng)。

蘇州阿(e)爾法(fa)生(sheng)物(wu)十(shi)三年(nian)專(zhuan)註於生物(wu)實(shi)驗室(shi)設備及實驗室(shi)耗(hao)材供(gong)應，PCR及NGS相(xiang)關(guan)產品(pin)包(bao)括(kuo)PCR儀器(qi)、快(kuai)速(su)PCR儀、熒(ying)光(guang)定量PCR、NGS試劑盒、質粒(li)小(xiao)提試劑盒、RNA提取(qu)試劑盒等(deng)。