革(ge)命(ming)性(xing)靶向(xiang)RNA-seq技術(shu)助力高(gao)效(xiao)融(rong)合基(ji)因(yin)檢(jian)測

隨(sui)著(zhe)癌(ai)癥(zheng)研(yan)究的不斷深入，融(rong)合基(ji)因(yin)被(bei)認(ren)為(wei)是癌癥(zheng)發(fa)生的主要(yao)原因(yin)之(zhi)壹。而快速(su)準(zhun)確(que)地對融(rong)合基(ji)因(yin)進(jin)行檢測(ce)，則能(neng)夠指(zhi)導(dao)醫學(xue)的研究(jiu)方(fang)案(an)選(xuan)擇。然(ran)而，目(mu)前(qian)存在(zai)的分(fen)子(zi)檢測(ce)方(fang)法(fa)在分(fen)辨(bian)率(lv)和(he)通量(liang)方(fang)面(mian)受到(dao)壹定(ding)的限制(zhi)。而靶向(xiang)RNA-seq技術(shu)，通過使(shi)用(yong)生物(wu)素(su)化(hua)寡(gua)核(he)苷(gan)酸(suan)探針(zhen)來富集(ji)目(mu)標(biao)RNA轉錄本(ben)，能(neng)夠克(ke)服這(zhe)些(xie)限制(zhi)，實現對融(rong)合基(ji)因(yin)的敏(min)感檢測(ce)。

傳統(tong)的融(rong)合基(ji)因(yin)檢測(ce)方(fang)法(fa)主要(yao)包括(kuo)Fluorescence in situ hybridization（FISH）和實時定量(liang)聚合酶(mei)鏈反(fan)應(ying)（RT-PCR）。然(ran)而，這(zhe)些(xie)方(fang)法(fa)只(zhi)能(neng)檢(jian)測(ce)單(dan)個(ge)融(rong)合基(ji)因(yin)，無(wu)法(fa)識別新的融(rong)合基(ji)因(yin)伴(ban)侶或解析(xi)復雜的結構重組(zu)。而靶向(xiang)RNA-seq技術(shu)可以(yi)克(ke)服這(zhe)些(xie)限制(zhi)，其(qi)敏(min)感度高(gao)，能(neng)夠檢(jian)測到(dao)罕(han)見或較低(di)表達的轉錄本(ben)。

靶向(xiang)RNA-seq的優勢在(zai)於能(neng)夠在(zai)壹個(ge)實驗中靶向(xiang)捕獲(huo)數(shu)百(bai)個(ge)基(ji)因(yin)，大(da)大(da)提(ti)高了(le)融(rong)合基(ji)因(yin)的檢測率(lv)。通(tong)過對(dui)多(duo)個(ge)細(xi)胞(bao)系進(jin)行檢(jian)測分(fen)析(xi)，該技術(shu)在檢測(ce)融(rong)合基(ji)因(yin)方(fang)面(mian)表現(xian)出更強(qiang)的優勢。例(li)如(ru)，在肺(fei)癌(ai)患者(zhe)的腫(zhong)瘤(liu)組(zu)織中(zhong)，靶向(xiang)RNA-seq不僅確(que)認(ren)了(le)ROS1和ALK的重組(zu)現象，還(hai)確(que)定了(le)其(qi)伴(ban)侶基(ji)因(yin)和(he)融(rong)合連(lian)接(jie)位點(dian)。這(zhe)不僅提(ti)高了(le)融(rong)合基(ji)因(yin)的檢測(ce)率(lv)，還(hai)與之(zhi)前(qian)的檢測(ce)結果(guo)具有(you)高度(du)的壹致(zhi)性(xing)。

另外，靶向(xiang)RNA-seq技術(shu)還(hai)應用(yong)於其(qi)他(ta)疾病(bing)的融(rong)合基(ji)因(yin)檢測(ce)。在慢性(xing)髓性(xing)白(bai)血(xue)病者(zhe)中(zhong)，靶向(xiang)RNA-seq確(que)定了(le)與imatinib研究(jiu)反應(ying)相關(guan)的BCR-ABL1異(yi)構體(ti)。在前(qian)列腺癌(ai)者(zhe)中(zhong)，靶向(xiang)RNA-seq識別到(dao)了多(duo)個(ge)TMPRSS2-ERG融(rong)合異(yi)構體(ti)，並發(fa)現這(zhe)些(xie)融(rong)合異(yi)構體(ti)具有(you)多樣的轉錄起始位點(dian)。此外，靶向(xiang)RNA-seq還(hai)可以(yi)用(yong)於統計(ji)基(ji)因(yin)和(he)外顯(xian)子(zi)的表達，通(tong)過讀(du)深變化來識別融(rong)合連(lian)接(jie)位點(dian)，並發(fa)現融(rong)合基(ji)因(yin)的發(fa)生可(ke)能(neng)與基(ji)因(yin)表達相(xiang)關(guan)。

為了(le)滿(man)足科(ke)研和(he)醫學(xue)的需要，蘇(su)州阿(e)爾法(fa)生物有限公司(si)聯(lian)合海(hai)星(xing)生物提(ti)供(gong)了(le)革(ge)命(ming)性(xing)的HyCyte®標(biao)準(zhun)品(pin)細(xi)胞(bao)株定(ding)制(zhi)服務(wu)。該服(fu)務(wu)基(ji)於成熟的基(ji)因(yin)編(bian)輯系統，包括(kuo)CRISPR/Cas9基(ji)因(yin)定(ding)點(dian)編輯(ji)技術(shu)、VIRUS-Free™ 基(ji)因(yin)穩(wen)轉技術(shu)以(yi)及ClonePlus™細胞(bao)單克(ke)隆技術(shu)。通過這(zhe)些(xie)核心技術(shu)，我們可(ke)以(yi)快速(su)高(gao)效(xiao)地構建(jian)多基(ji)因(yin)多(duo)細胞(bao)系的突變標(biao)準(zhun)品(pin)細(xi)胞(bao)株，解決(jue)多(duo)基(ji)因(yin)多(duo)細胞(bao)系混(hun)合突變頻(pin)率(lv)不確(que)定的難題。

我們的融(rong)合基(ji)因(yin)標(biao)準(zhun)品(pin)細(xi)胞(bao)株定(ding)制(zhi)服務(wu)具(ju)有(you)多項優(you)勢，可(ke)以(yi)根(gen)據(ju)需(xu)求針對(dui)DNA或RNA或蛋白(bai)等(deng)不同層面(mian)的檢測應(ying)用(yong)的細胞(bao)株定(ding)制(zhi)。服務(wu)周(zhou)期(qi)為7-12周(zhou)，變異(yi)頻(pin)率(lv)可(ke)達到(dao)50-100%或高(gao)拷貝(bei)。我們提(ti)供(gong)穩(wen)定傳代的細胞(bao)株交(jiao)付(fu)，同(tong)時也可(ke)提(ti)供(gong)背(bei)景細胞(bao)株（野(ye)生(sheng)型(xing)細(xi)胞(bao)株）。交(jiao)付(fu)形式(shi)包括(kuo)細(xi)胞(bao)株、gDNA、ctDNA、FFPE蠟(la)塊(kuai)。在交(jiao)付(fu)成(cheng)果後，我(wo)們還(hai)提(ti)供(gong)PCR檢測(ce)、Sanger測序(xu)驗證等(deng)驗證方(fang)法(fa)，以(yi)確(que)保標(biao)準(zhun)品(pin)細(xi)胞(bao)株的質量(liang)和(he)可(ke)靠(kao)性(xing)。

蘇州(zhou)阿爾法(fa)生物有限公司(si)致(zhi)力於為科(ke)研和(he)制(zhi)藥(yao)企業(ye)提(ti)供(gong)實驗室儀器(qi)、實驗試(shi)劑(ji)、實驗耗材(cai)等產品和服務。我們將(jiang)繼(ji)續(xu)不斷創(chuang)新，為(wei)客(ke)戶(hu)提(ti)供(gong)更(geng)多(duo)高(gao)效(xiao)、便捷(jie)的解決(jue)方(fang)案(an)，助(zhu)力科(ke)研和(he)醫學(xue)領(ling)域(yu)的發(fa)展。

參考(kao)文(wen)獻：

1. Gallagher RI, et al. Targeted RNA sequencing with a 48 gene panel accurately identifies colorectal cancer patients with microsatellite instability or mismatch repair deficiency. Gastroenterology. 2020; 158: 1308-1320.

2. Singh RR, et al. Clinical validation of a next-generation sequencing screen for mutational hotspots in 46 cancer-related genes. J Mol Diagn. 2013; 15: 607-622.

3. Campbell PJ, et al. The patterns and dynamics of genomic instability in metastatic pancreatic cancer. Nature. 2010; 467: 1109-1113.

4. Drğqescu CA, et al. Validation of a next-generation-sequencing cancer panel for use in the clinical laboratory. Arch Pathol Lab Med. 2015; 139: 508-517.